Ошибка MySQL Server Has Gone Away (error 2006) может возникнуть в двух случаях.

Таймаут соединения

Наиболее распространенная проблема: таймаут соединения, в результате чего сервер его закрывает. Решение весьма тривиальное — увеличение лимита времени wait_timeout в файле конфигурации my.cnf. Для этого в Debian нужно выполнить:

sudo nano 
/etc/mysql/my.cnf

# Открытие файла настроек MySQL

Затем установить тайм-аут ожидания:

wait_timeout = 600

# Время ожидания в секундах, можно установить вплоть до 28800 с (8 часов)

Не забудьте перезагрузить базу:

sudo /etc/init.d/mysql restart

# Перезагрузка базы данных MySQL

Иногда, при выполнении длительных запланированных задач, также может появиться ошибка MySQL Server Has Gone Away все из-за того же таймаута соединения. При этом лимит времени не получится существенно увеличить (максимум до нескольких часов), так как это может привести к заполнению буфера ожидающими соединениями.

Поэтому лучше проверить соединение и, при необходимости, переподключиться.

$link = mysql_connect("localhost","root","root"); 

# Здесь будут cron jobs

if( !mysql_ping($link) ) $link = mysql_connect("localhost","root","root", true);

# Подключение БД и переподключение при необходимости

Большой или некорректный пакет

Вторая распространенная проблема: сервер получает большой или некорректный пакет и отклоняет его. В этом случае сервер считает, что проблема на стороне клиента и закрывает соединение. Так что для решения нужно увеличить лимит на максимальный размер пакета все в том же файле конфигурации:

[mysqld]
...
max_allowed_packet = 64M
…

# Увеличение лимита размера входящего пакета, в МБ

Также не забудьте перезагрузить базу данных.

Самое главное

После того, как устраните ошибку MySQL Server Has Gone Away, поиграйтесь с параметрами wait_timeout и max_allowed_packet для получения оптимальных лимитов.